Etapa Colonia (1492-1821)
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Colón desembarcó en la isla el 5 de diciembre de 1492, durante su primer viaje, y se sabe que lo acompañaban tres Físicos (este era el nombre que se le daba al medico).
Las enfermedades endémicas de la isla eran el Paludismo, Disentería, Bubas, Sífilis, Tuberculosis, Filiaría, Parásitos.
Se construyeron en esta isla los primeros Hospitales de América dada la gran cantidad de enfermos que se presentaron, debido a la pobreza e insalubridad que caracterizaba el comienzo de la fundación de los pueblos, se citan Hospital de San Nicolás de Bari (1493), que fue el primer hospital de América; el de la Isabela Concepción, y el del Fuerte de la Magdalena.
En 1494 se desató una epidemia de Fiebre Amarilla y Paludismo, estos "físicos" no eran capaces de diferenciar el origen de estas fiebres y los medicamentos con que contaban eran escasos por lo que tuvieron que recurrir a las hierbas.
No existía regulación para ejercer la medicina y farmacia, y los enfermos eran curados por médicos improvisados y por sus propios compañeros. El exterminio de los indios obligó a la compra de esclavos.
En el año 1502 se introdujeron los primeros esclavos que conjuntamente traían sus costumbres y su "Hombre de la Medicina" que curaba a base de tisanas, cataplasmas y fricciones, abundaban los curanderos. Se producen grandes epidemias con muerte de mas de la mitad de los esclavos.
Se conoce poco de los primeros médicos establecidos, aunque se señala que estos médicos llegados a la isla no poseían excelentes cualidades y sus actuaciones no eran brillantes. La gran mayoría de estos médicos eran aventureros, gente sin escrúpulos. En la primera década del siglo XVI se creó el primer Protomedicato, esto era un tribunal de examinadores que duró por 200 años. Se creó, también, la primera Universidad Pontificia de Santo Tomás de Aquino (1517-1518) fundada por los dominicos, que también fue la primera de América. No existía enseñanza de la medicina en esta Universidad. A principio del siglo XVI el estudio de la medicina era considerado como parte del estudio de las artes. Arte era el bachillerato y en el se enseñaba la medicina como una Ciencia Filosófica. Se señala al médico Pineda como el primer médico graduado en Universidad por los años de 1550 a 1553
En 1687 se creó la Facultad de Medicina. La enseñanza de la medicina en sus inicios no fue continua, ya que corría la misma suerte que las Universidades, que debido a la pobreza del país funcionaban de manera irregular. La enseñanza de la medicina en el periodo colonial (hasta el siglo XIX), era de forma personal, teórica y libresca. Los médicos que fueron notables en esta época (siglo XVII y primer tercio del XVIII) fueron disminuyendo a causa de la despoblación y el descubrimiento de "tierra firme". Este periodo hasta 1700 fue un periodo de mucha pobreza. Para esta época no existían los Cirujanos, siendo los barberos los que realizaban las sangrías.
